중소기업 법인 대표가 놓치기 쉬운 급여 설정의 법적 절차

법인을 운영하다 보면 대표이사의 급여를 얼마로 책정할지는 항상 고민거리입니다. 많은 중소기업 대표들이 세금과 사대보험 부담만 고려하여 급여를 결정하는 경우가 많은데, 사실 더 중요한 것은 법적 절차를 제대로 따르는 것입니다. 급여 금액 자체보다 이를 결정하는 '절차적 정당성'이 세무조사에서 더 큰 이슈가 될 수 있기 때문입니다.

이 글에서는 중소기업 법인 대표가 급여를 설정할 때 놓치기 쉬운 법적 절차를 알아보고, 세무조사에 대비하는 방법을 살펴보겠습니다.

1. 상법상 필요한 주주총회 절차와 세무조사 대비 방법

상법상 임원 보수 결정 절차

상법 제388조에 따르면 이사의 보수는 정관에 그 금액이 정해져 있지 않으면 주주총회의 결의로 정해야 합니다. 이는 대표이사를 포함한 모든 이사에게 적용되는 규정으로, 급여, 상여금, 퇴직금 등 모든 형태의 보수에 해당됩니다.

주주총회 결의 절차

1. 정기주주총회 개최: 일반적으로 결산 후 3개월 이내(12월 결산법인의 경우 3월)
2. 주주총회 소집통지: 총회 개최 1주일 전까지 주주에게 통지
3. 주주총회 의결사항: 임원 보수한도 승인
4. 의사록 작성 및 보관: 의결 내용을 의사록으로 작성하고 보관

세무조사 대비 방법

세무조사에서는 다음과 같은 서류를 요청하는 경우가 많습니다:

1. 정관: 임원 보수 관련 규정
2. 주주총회 의사록: 임원 보수한도 승인 내용
3. 이사회 의사록: 구체적인 보수 지급 결정 내용
4. 급여지급 내역: 실제 지급된 급여와 승인된 한도의 일치 여부

세무조사에 대비하기 위해서는:

• 정관과 주주총회 의사록에 임원 보수 규정과 한도를 명확히 명시
• 연봉, 상여금 등의 변동이 있을 경우 반드시 주주총회 의결을 거침
• 주주총회 의사록을 작성할 때 구체적인 금액이나 산정 기준을 명시
• 모든 문서는 날짜 순으로 정리하여 보관

실제 사례: A사는 대표이사 급여를 인상했으나 주주총회 결의를 거치지 않았습니다. 세무조사 결과, 인상된 급여와 기존 급여의 차액에 대해 비용 인정을 받지 못해 추가 법인세를 납부해야 했습니다.

2. 정관 규정의 중요성과 작성 가이드

정관의 중요성

정관은 회사의 기본 규칙을 정하는 문서로, 임원 보수에 관한 사항도 포함됩니다. 많은 중소기업이 표준 정관을 그대로 사용하거나, 정관에 임원 보수에 관한 구체적인 내용을 담지 않는 경우가 많은데, 이는 나중에 문제가 될 수 있습니다.

정관에 포함해야 할 임원 보수 관련 사항

1. 보수 결정 방식: 주주총회에서 결정할지, 이사회에 위임할지 등
2. 보수의 종류: 기본급, 상여금, 성과급, 퇴직금 등의 구분
3. 보수 지급 기준: 회사의 매출, 영업이익 등과 연동하는 기준
4. 보수 한도: 전체 임원 보수의 최대 한도
5. 퇴직금 지급 규정: 법정 기준 외 추가 지급 기준이 있을 경우

정관 작성 가이드

기본형 정관 조항 예시:

제00조(이사의 보수와 퇴직금)
① 이사의 보수는 주주총회의 결의로 그 한도를 정한다.
② 이사의 퇴직금은 주주총회 결의를 거친 임원퇴직금지급규정에 의한다.

구체적인 정관 조항 예시:

제00조(이사의 보수와 퇴직금)
① 이사의 보수는 주주총회에서 승인한 한도 내에서 이사회가 지급 기준과 방법을 정한다.
② 이사의 보수는 기본급여, 성과급, 상여금으로 구분하며, 성과급은 회사의 영업이익의 00%를 초과하지 않는 범위 내에서 지급한다.
③ 이사의 퇴직금은 재임기간 1년에 대하여 평균임금 00일분으로 하며, 재임기간이 3년을 초과하는 경우 추가 지급률을 적용할 수 있다.

정관 변경 절차

정관 변경은 주주총회 특별결의(출석 주주 의결권의 2/3 이상 찬성)가 필요합니다. 따라서:

1. 주주총회 소집 통지 시 정관 변경 안건 포함
2. 변경할 정관 조항의 신·구 대비표 준비
3. 주주총회에서 특별결의로 의결
4. 변경된 정관으로 등기 신청(임원 보수 규정은 등기사항은 아님)

3. 임원 보수 규정 설정의 실무 사례

사례 1: 매출 연동형 보수 체계

B전자는 대표이사의 기본급을 월 500만원으로 고정하고, 연간 매출 목표 달성 시 추가 성과급을 지급하는 방식을 채택했습니다.

 

적용 방법:

1. 정관에 "이사의 보수는 기본급과 성과급으로 구성되며, 성과급은 연간 매출 목표 달성도에 따라 차등 지급한다"고 명시
2. 주주총회에서 연간 임원 보수 한도를 1억 5천만원으로 의결
3. 이사회에서 구체적인 성과급 산정 방식을 결정(매출 목표의 100% 달성 시 기본급의 100%, 110% 달성 시 기본급의 150% 등)
4. 매년 성과 평가 후 성과급 지급 시 이사회 의결을 거침

장점:

• 회사 실적과 대표 보수를 연동시켜 동기부여
• 비용 인정 근거가 명확함

사례 2: 기본급+퇴직금 분리 설계형

C서비스는 대표이사의 총 보수를 월 1,000만원으로 하되, 700만원은 급여로, 300만원은 퇴직연금으로 적립하는 방식을 채택했습니다.

 

적용 방법:

1. 정관에 "이사의 퇴직금은 재직기간 1년에 대하여 평균임금의 2개월분으로 한다"고 명시(법정 기준보다 높게 설정)
2. 주주총회에서 연간 임원 보수 한도와 퇴직금 지급 규정 승인
3. 퇴직연금 규약 작성 및 금융기관과 계약 체결
4. 매월 급여 지급과 함께 퇴직연금 적립

장점:

• 사대보험 부담 경감
• 퇴직금에 대한 세제 혜택 활용
• 장기적 자산 형성에 유리

사례 3: 단계적 보수 인상형

D컨설팅은 창업 초기 대표이사의 급여를 최소화하다가 회사가 성장함에 따라 단계적으로 인상하는 방식을 채택했습니다.

적용 방법:

1. 정관에 "이사의 보수는 회사의 재무상태와 경영성과를 고려하여 주주총회에서 결정한다"고 명시
2. 초기 3년간은 최저임금 수준으로 보수 설정
3. 회사가 흑자 전환 후 매년 주주총회를 통해 보수를 단계적으로 인상
4. 각 단계별 인상 근거(매출 증가율, 영업이익률 등)를 주주총회 의사록에 명확히 기재

장점:

• 회사 성장에 맞춘 합리적 보수 설계
• 세무당국에 인상 근거 제시 용이
• 초기 자금 부담 최소화

실무 적용을 위한 체크리스트

법인 대표 급여 설정 시 다음 사항을 반드시 확인하세요:

✓ 정관에 임원 보수 관련 규정이 명확히 기재되어 있는가?

✓ 매년 정기주주총회에서 임원 보수 한도를 승인받았는가?

✓ 보수 변경 시 주주총회 또는 이사회 의결을 거쳤는가?

✓ 의사록에 보수 결정 근거가 구체적으로 기재되어 있는가?

✓ 상여금 지급 시 별도의 지급 근거 규정이 있는가?

✓ 퇴직금 규정이 정관 또는 별도 규정으로 마련되어 있는가?

✓ 모든 문서가 날짜 순으로 정리되어 보관되고 있는가?

결론

법인 대표의 급여 설정은 단순히 금액을 정하는 문제가 아니라, 법적 절차를 준수하는 과정입니다. 특히 중소기업의 경우 형식적인 절차로 여기기 쉽지만, 이는 세무조사 시 가장 먼저 확인하는 사항이기도 합니다.

법적 절차를 준수하면 세무상 불이익을 방지할 수 있을 뿐 아니라, 회사의 지배구조를 투명하게 관리하는 효과도 있습니다. 세무사나 법무법인과 상담하여 자신의 회사에 맞는 임원 보수 체계를 구축하는 것이 바람직합니다.

급여 설정의 법적 절차는 번거롭게 느껴질 수 있지만, 장기적으로 회사와 대표 모두를 보호하는 안전장치임을 기억하시기 바랍니다.