세무이야기

주주 변동, 이 세금은 꼭 체크하세요! (과점주주 2차 납세의무, 취득세, 양도세)

지파지파 2025. 10. 27. 22:25
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주주 변경(주식 이동)을 앞두고 계신가요? 덜컥 세금 폭탄 맞을까 걱정되시죠. 과점주주 2차 납세의무, 취득세, 양도소득세까지! 주식 이동 전 반드시 검토해야 할 핵심 세무 리스크 3가지를 총정리했습니다.

얼마 전 친한 대표님께 연락이 왔어요. 창업 초기 멤버가 퇴사하면서 지분을 정리해 줘야 하는데, 그냥 주식 양수도 계약서만 쓰면 되는 거 아니냐고요. 😅 사실... 주식 이동, 특히 비상장법인 주식 이동은 생각보다 훨씬 복잡하고 무서운 세금 문제들이 숨어있답니다. '나는 괜찮겠지' 하다가 과점주주 취득세나 생각지도 못한 증여세 폭탄을 맞을 수도 있거든요. 그래서 오늘은! 법인 대표님, 주주님들이 주식 이동 전에 '이것만큼은 꼭!' 챙겨봐야 할 핵심 세무 사항 3가지를 알기 쉽게 짚어드릴게요. 😊

 

첫 번째 관문: 과점주주의 국세 제2차 납세의무 🏛️

이름부터 좀 무섭죠? '제2차 납세의무'란, 법인이 세금을 못 낼 경우 그 법인의 과점주주가 대신 세금을 내야 하는 의무를 말해요. 법인의 재산으로 국세, 가산금, 체납처분비 등을 감당하지 못할 때, 그 부족한 금액에 대해 과점주주가 책임을 지는 거죠.

모든 주주가 아니라 '과점주주'에게만 해당하는데요, 여기서 말하는 과점주주는 주주 1명과 그의 특수관계인이 가진 주식 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하면서 법인의 권리를 실질적으로 행사하는 사람들을 의미합니다.

주식 이동으로 인해 누군가 새롭게 이 과점주주가 되거나, 기존 과점주주의 지분이 변경될 때 이 요건을 꼼꼼히 따져봐야 합니다. 특히 가족 간의 주식 이동이나 임원에게 주식을 넘길 때 '특수관계인' 범위에 포함되는지 주의해야 해요.

💡 국세기본법상 특수관계인 범위 (요약)
제2차 납세의무를 따질 때의 특수관계인은 생각보다 넓어요.
  • 친족관계: 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척, 배우자 등
  • 경제적 연관관계: 임원, 사용인, 생계를 유지하는 자 및 그 친족
  • 경영지배관계: 본인 또는 특수관계인이 법인 경영에 50% 이상 지배적 영향력을 행사하는 경우 그 법인

 

두 번째 폭탄: 과점주주의 취득세 납부 의무 🧾

이건 정말 많은 분이 놓치는 부분이에요! 법인이 부동산, 차량, 골프회원권 같은 취득세 과세 대상 자산을 가지고 있을 때, 주식 취득으로 '과점주주'가 되면 그 법인의 자산을 과점주주가 직접 취득한 것으로 간주하여 취득세를 부과합니다. 😱

여기서 말하는 과점주주는 제2차 납세의무와 기준이 살짝 다른데요, 주주 1인과 그 특수관계인의 지분 합계가 50%를 '초과'하는 경우를 말합니다. (딱 50%는 과점주주가 아니에요!)

중요한 건, 법인 설립 시점부터 과점주주였던 경우는 납세 의무가 없다는 점이에요. 하지만 설립 이후에 지분을 추가로 취득해서 과점주주가 되거나, 이미 과점주주인 상태에서 지분이 더 늘어나면 취득세 대상이 될 수 있습니다.

과점주주 지분 변동에 따른 취득세 과세 여부

구 분 과점주주 지분 변동 취득세 과세 여부
법인 설립시 51% (당초 과점주주) 과세대상 아님
최초 과점주주 40% → 51% (과점주주(×) → (○)) 51% 전체 지분율에 대해 과세
지분 증가 55% → 70% (과점주주(○) → (○)) 증가분 15%에 대해 과세
지분 감소 80% → 55% 과세대상 아님
재차 과점주주 60% → 40% → 55% 이전 최고 비율(60%)보다 증가하지 않았으므로 과세 안 함
💡 지방세기본법상 특수관계인 (요약)
취득세의 기준이 되는 지방세기본법상 특수관계인은 국세기본법과 유사하지만, 경영지배관계 판단 기준이 '100분의 50 이상' 출자 (국세기본법은 30%) 등 일부 차이가 있으니 주의 깊게 봐야 합니다.
⚠️ 주의하세요! 과점주주 집단 내부 이동
대법원 판례에 따르면, 이미 과점주주인 '집단' 내부에서 주식이 이전되어 개인의 지분율은 변동되더라도, 그 집단 전체가 보유한 총 지분 비율에 변동이 없다면 취득세 과세대상이 아닙니다. (예: 아버지가 60% 가진 과점주주인데, 아들에게 20%를 넘겨 아버지가 40%가 된 경우. 집단 전체는 60%로 동일)

📝 과점주주 취득세 과세표준 계산

과세표준 = 법인의 취득세 과세대상 자산 총가액 × 과점주주 지분 증가 비율

(이때 자산총액은 신고가액과 시가표준액 중 큰 금액이 아닌, 해당 법인의 결산서 등 장부가액을 기초로 계산합니다.)

 

마지막 함정: 주식 양도가액과 저가/고가 양도 💰

"주식 얼마에 거래하실 건가요?" 이 질문이 제일 중요할 수 있어요. 비상장주식은 상장주식처럼 정해진 '시가'가 없기 때문에 당사자끼리 마음대로 가격을 정해서 거래하기 쉬운데요, 이게 세무서에서는 큰 문제가 될 수 있습니다.

세법에서는 비상장주식의 시가를 상속세 및 증여세법(상증세법)상의 보충적 평가방법에 따라 계산하도록 하고 있어요. 이게 원칙적인 '시가'가 됩니다.

📝 비상장주식 보충적 평가방법 (원칙)

1주당 가액 = (1주당 순손익가치 × 3 + 1주당 순자산가치 × 2) ÷ 5

(단, 부동산과다보유법인은 가중치 반대: 순손익가치 × 2 + 순자산가치 × 3)

  • 순손익가치: 최근 3년간의 순손익액 가중평균 ÷ 10%
  • 순자산가치: 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수

만약 이 '시가'보다 너무 싸게(저가) 팔거나 비싸게(고가) 사면, 그 차액만큼을 '증여'한 것으로 보아 증여세가 과세될 수 있습니다. 또한, 특수관계인 간의 거래라면 양도소득세까지 불이익을 받을 수 있어요.

저가/고가 양도 시 세무 문제 비교

구분 증여세 (양수자/양도자) 양도소득세 (양도자)
특수관계인 간 (시가와 대가 차액)이 시가의 30% 또는 3억 원 이상이면 과세 (시가와 거래가액 차액)이 시가의 5% 또는 3억 원 이상이면 '시가'를 양도가액으로 하여 재계산 (부당행위계산부인)
특수관계인 외 (시가와 대가 차액)이 시가의 30% 이상인 경우, (차액 - 3억 원)을 과세 원칙적으로 거래가액 인정 (단, 조세 회피 목적이 명백하면 부인될 수 있음)
📌 특수관계인 범위, 또 다르다? (상증세법 vs 소득세법)
네, 맞아요... 😅 세금마다 특수관계인 범위가 조금씩 다릅니다.
  • 증여세(상증세법): 본인, 친족, 사용인(임원 포함), 경영 지배 법인(30% 이상 출자) 등 매우 포괄적입니다. 법인의 임직원도 주주와 특수관계인이 될 수 있어요.
  • 양도소득세(소득세법/국세기본법): 친족관계, 경제적 연관관계(개인 간 고용관계 등)로, 상증세법보다는 범위가 좁은 편입니다. 단순히 법인의 임직원이라는 이유만으로는 특수관계인이 아닐 수 있습니다.

 

마무리: 핵심 내용 요약 📝

휴, 정말 복잡하죠? 😅 주식 이동은 단순한 지분 변경이 아니라 법인과 주주 모두에게 큰 세무 영향을 줄 수 있는 중요한 이벤트예요. 오늘 말씀드린 3가지 핵심 사항은 꼭 기억해 두셨다가 불필요한 세금을 내는 일이 없도록 현명하게 준비하시길 바랍니다!

 
💡

주식 이동 전 필수 검토 3가지

🏛️ 2차 납세의무: 법인 체납 시 과점주주(50% 초과)가 대신 납부
🧾 취득세: 법인 설립 후 과점주주(50% 초과)되면 법인 자산의 취득세 납부
💰 양도가액:
시가(상증세법 평가)와 다르게 거래 시 증여세/양도세 폭탄!
👩‍💼 특수관계인: 세금별 범위가 다르므로 거래 전 반드시 확인!

자주 묻는 질문 ❓

Q: 법인 설립할 때부터 지분이 60%였어요. 그럼 취득세 내야 하나요?
A: 아니요! 법인 설립 시점부터 과점주주인 경우에는 취득세 납세 의무가 없습니다. 이 의무는 법인 설립 '이후'에 주식 취득 등으로 과점주주가 되는 경우에 발생합니다.
Q: 저희는 아빠 30%, 엄마 30%로 총 60%인 과점주주 집단이에요. 아빠 주식을 엄마한테 다 넘겨서 엄마 60%가 되면 취득세 내나요?
A: 아니요, 과세되지 않습니다. 과점주주 '집단' 내부에서 주식이 이동하여 개인 지분율은 바뀌었지만, 그 집단(가족) 전체가 소유한 총 지분 비율(60%)에는 변동이 없기 때문에 취득세 과세대상이 아닙니다. (대법원 판례 기준)
Q: 비상장주식 거래할 때 무조건 상증세법으로 평가한 금액으로만 거래해야 하나요?
A: 꼭 그런 것은 아닙니다. 하지만 상증세법상 평가액이 세법이 인정하는 '시가'의 기준이 됩니다. 이 기준에서 일정 범위(예: 특수관계인 간 시가의 30% 또는 3억 원)를 벗어나게 저가 또는 고가로 거래하면 증여세가 과세되고, 추가로 양도소득세 불이익까지 받을 수 있으니 사실상 이 평가액을 기준으로 거래하는 것이 가장 안전합니다.

더 궁금한 점이 있거나 우리 회사 케이스는 어떤지 헷갈리는 부분이 있다면 언제든 댓글로 물어봐주세요~ 😊

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